“上游来水、下游来风”这种天然状态，是我市进行水环境与大气治理需要考虑的关键点之一。今年起，我市将对沿江上游火力发电厂实行“上大压小”；对下游化工企业实施改造升级，对二桥至三桥段严格控制新上项目，关闭淘汰一批污染企业和落后产能。力争到2010年，化学需氧量排放量在2005年的基础上削减17.2%，控制在12万吨以内，确保全市主要水体水质达到IV类以上；二氧化硫排放量在2005年的基础上削减9.2%，控制在13.73万吨以内。
解读《规划》中的风、水两项指标，环保部门负责人说，在水环境综合整治方面，我市将在加强工业污染源防治的同时，建立循环经济试点项目60个，并完成80家企业清洁生产审核；在加快生活污染源治理方面，完成仙林污水处理厂一期、城东污水处理厂二期、城南污水处理厂一期工程，并开工建设桥北污水处理厂一期、铁北污水处理厂，改变部分区域工业排污口与生活取水口错综交杂的局面；在大气污染综合治理方面，全力实施节能减排，改进能源结构，提高清洁能源比重，减少工业污染物排放。此外，加大电力、钢铁、石化、水泥等产业治理力度，严格控制二氧化硫、二氧化氮和总悬浮颗粒物的排放总量，减少烟囱、消灭“黄龙”。
清洁“风水”的同时，长江南京段三次产业比例将由2006年的3：49.5：47.5，调整到2010年的2：48：50。石化、钢铁中化工业占工业总产值比重将由2005年的41.8%下降到29%。“不仅要使传统重化工产业实现脱胎换骨的改造提升，还要实现新型高科技产业的快速发展。”规划部门负责人预计，到“十一五”末，我市沿江产业将形成新能源、新材料、生物工程与制药、新型光电、环保装备、航空航天、汽车制造、软件、电子信息、石化与精细化工、钢铁冶金、电力能源、现代物流等产业集群，总产值将增至9000亿元以上；同时，万元GDP综合能耗比“十五”末下降20%。