2006年5月18日，国家环保总局召开局务会审议通过了《国家重点生态功能保护区规划（2006-2020）》和《全国自然保护区发展规划（2006—2020）》。会议认为这两项规划充分体现了《国民经济与社会发展第十一个五年规划纲要》和《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》的精神，能够有效指导未来15年我国重点生态功能保护区、自然保护区的建设和发展，有助于推动我国主体功能区空间建设格局的形成。会议决定，这两项规划经进一步完善后，上报国务院批准实施。

《国家重点生态功能保护区规划》和《全国自然保护区发展规划》都被国家发改委列入2005年度专项规划编制计划，这两项工作的完成对于推动我国生态环境的保护具有重大意义。

中国环境规划院是《国家重点生态功能保护区规划》的技术负责单位，同时也是《全国自然保护区发展规划》的主要参与者。